начинается в 3067 г. до н. э. возле врат в древнеегипетский город Фивы, где воин известный только как Царь скорпионов ведёт свою армию против защитников города на пути захвата. Царь скорпионов проигрывает решающую битву и отступает в пустыню вместе с остатками своей армии. После того как его солдаты вымирают один за другим, только Царь скорпионов остаётся в живых. Поклявшись в верности богу Анубису, Царь скорпионов меняет свою душу на возможность победить его врагов. Тотчас же появляется великий оазис под названием Ам-Шер, и он возвращается в Фивы с шакалоголовыми воинами Анубиса чтобы отомстить за поражение. После того как он берёт Фивы, Анубис забирает его душу, а армия бога превращается в песок. Ровно через 5000 лет, в 1933, представляется опять семья О’Коннеллов, через 8 лет после их предыдущего приключения.

Наш отважный герой, искатель приключений Рик О’Конелл (Брендан Фрейзер), теперь богат, счастливо женат на прекрасной Эвелин (Рэйчел Вайс) и воспитывает своего восьмилетнего сына Алекса. Во время археологических раскопок, больше напоминающих грабёж, Иви и Рик обнаруживают очередной сундук. Но в этом сундуке нет книги мёртвых или кувшинов с органами. Вместо этого, там находится браслет Анубиса, который раннее одевал Царь скорпионов. Вернувшись в Лондон, их сын Алекс одевает браслет, который показывает ему путь в Ам-Шер. Алекса похищают прислужники Имхотепа, который был воскрешён реинкарнацией своей возлюбленной Анк-Су-Намун (Патрисия Веласкес). Алекс получает инструкции по мере продвижения, и он оставляет метки для родителей, чтобы они могли за ним следовать. О’Коннелл нанимает Иззи, пилота с которым он раннее работал, который им помогает догнать похитителей на своём дирижабле. По пути, О’Коннеллы узнают, что имеют связь с Имхотепом и Царём скорпионов в прошлой жизни. В прошлой жизни, Иви была Нефертири, дочь фараона Сети I и хранительница браслета Анубиса. Рик — меджай, которому была доверена жизнь Эвелин. Вместе со своим сыном, носителем браслета, они составляют три стороны пирамиды. Когда браслет достигнет пирамиды в Ам-Шер, он пробудит Царя скорпионов, который в свою очередь вызвет армию Анубиса для захвата мира.

Когда обе группы прибывают в оазис, войско Имхотепа атаковано пигмеями-мумиями. Воспользовавшись суматохой, на культистов нападают Рик, Иви, Джонатан (брат Иви) и Ардет Бей (меджай из первого фильма). Все культисты, кроме их лидера, убиты. Рик затем хватает Алекса и бежит в пирамиду, перед тем как её коснётся луч солнца, так как если этого не сделать, браслет убьёт Алекса. Позже браслет всё же пробуждает армию Анубиса, и племена меджаев должны удерживать их.

Имхотеп и Анк-Су-Намун появляются у входа в храм и убивают Иви. Имхотеп подходит к логову Царя скорпионов, но Анубис забирает его сверхъестественные способности, желая, чтобы он дрался как смертный. Несмотря на это, Имхотеп вызывает Царя скорпионов и, притворяясь его верным слугой, заставляет его (который уже стал гигантским скорпионом) драться с Риком. В то же время, Алекс находит книгу мёртвых и возрождает свою мать, которая затем дерётся с Анк-Су-Намун.

Рик видит серию иероглифов на стене и понимает как убить Царя скорпионов. Оказывается, тот скипетр, который Джонатан носил всё время с собой,, является копьём Осириса, единственным оружием, способным остановить Царя скорпионов. Хотя Джонатан бросает копьё, и Имхотеп чуть не производит убийственный удар, Рику удаётся проткнуть им Царя скорпионов. Он приказывает своему противнику: «Пошёл к чёрту и возьми своих друзей с собой». Получив приказ, Царь скорпионов превращается в пепел. Армия Анубиса низвергается в ад.

Рик и Имхотеп пытаются убежать из разрушающегося храма, но оба чуть не падают в раскол в подземный мир, где их призывают мёртвые души. Оба держатся за край. В зал входят Эвелин и Анк-Су-Намун, но Рик просит, чтобы Иви спасалась сама. Она не слушается и бросается спасать мужа, рискуя своей жизнью. Имхотеп просит, чтобы Анк-Су-Намун спасла его, но она трусливо убегает, однако падает в яму со скарабеями, которые её мгновенно сьедают. В шоке от такого предательства любимой, из-за которой он и стал мумией, Имхотеп в последний раз завистливо улыбается Иви и Рику и отпускает край, падая в ад. Всем героям удаётся спастись благодаря Иззи, который подбирает их на крыше храма. Джонатану удаётся схватить огромный бриллиант с крыши храма (рискуя жизнью всех, кто в дирижабле), и они улетают домой, хотя Иззи требует половину бриллианта вместо скипетра, который у него украл Джонатан после аварии в джунглях.